尼克弗瑞為了躲避九頭蛇的追殺，利用河豚毒素并讓自己的心跳停止，甚至騙過(guò)了美隊(duì)華姐眾人，這不愧是神盾局局長(zhǎng)，弗瑞告訴了眾人皮爾斯的真實(shí)身份，為了阻止洞察計(jì)劃的進(jìn)行，局長(zhǎng)拿出三塊精密的芯片，他告訴大家，只有將三艘母艦的芯片替換，才能重新奪回母艦的控制權(quán)。于是他們立即制定計(jì)劃。而另一邊，吧唧回到九頭蛇的秘密基地，經(jīng)過(guò)和美隊(duì)交手過(guò)后，讓他找回了部分模糊的記憶。當(dāng)年和美隊(duì)在火車上執(zhí)行任務(wù)的過(guò)程中摔落山谷的吧唧并沒(méi)有因此死去，身受重傷的他被九頭蛇發(fā)現(xiàn)，就像這時(shí)的他已經(jīng)失去了左臂，在九頭蛇的改造下獲得新的機(jī)械，并且成功地將他洗腦，成為了職業(yè)殺手。
完成任務(wù)后被佐拉博士將其冰封了起來(lái)，而時(shí)間回到現(xiàn)在，前任神盾局長(zhǎng)皮爾斯來(lái)到神秘基地，吧唧問(wèn)起有關(guān)美隊(duì)的事情，為了防止吧唧再記起點(diǎn)什么，皮爾斯再次下令對(duì)吧機(jī)進(jìn)行洗腦。另一邊，有了計(jì)劃后的每隊(duì)幾人來(lái)到了神盾局外圍，解決幾個(gè)守衛(wèi)后，他們潛入了廣播室將九頭蛇的秘密公之于眾，經(jīng)過(guò)一番激情的演講過(guò)后，有不少人選擇相信門對(duì)的話。眼看事情已經(jīng)暴露，朗姆洛來(lái)到控制大廳下令發(fā)動(dòng)不見(jiàn)，可操作員卻表示，這臣妾做不到啊，情急之下，他拔槍對(duì)準(zhǔn)操作員，一瞬間雙方陷入了槍戰(zhàn)之中。這時(shí)朗姆洛趁機(jī)發(fā)動(dòng)了母艦外面糊上的夾板緩慢打開(kāi)，底下的三首母艦發(fā)動(dòng)引擎緩緩升空，美隊(duì)和獵鷹也趕忙沖到飛船上，獵鷹剛飛上高空就被數(shù)發(fā)炮彈連環(huán)攻擊，稍有不慎就會(huì)被轟下來(lái)，幸好有驚無(wú)險(xiǎn)，成功的替換了第一枚新品。
美隊(duì)這邊成功地解決母艦的小兵后，也順利的替換第二名新片兒寡姐這邊偽裝成神盾局的重要官員，成功的挾持住了皮爾斯。這時(shí)尼克福瑞的出現(xiàn)讓皮爾斯腦瓜子嗡嗡，被迫下皮爾斯只能乖乖配合交出神盾局的訪問(wèn)權(quán)。此時(shí)美隊(duì)正準(zhǔn)備替換第三枚新品，吧唧突然從旁邊沖了出來(lái)，撞到每頓兒獵鷹，在打斗過(guò)程中被吧唧扯斷了翅膀，失去翅膀的獵鷹被一腳踹飛了出去，幸好最后安全降落到地面，可他無(wú)法再次返回戰(zhàn)場(chǎng)，只能前往支援地面的寡姐。母艦上僅剩美隊(duì)和吧唧兩人，隨即兩人再次開(kāi)啟單挑。打斗中美隊(duì)嘗試替換新品，可謂吧唧攔了下來(lái)，兩人在母艦上打得有來(lái)有來(lái)，美隊(duì)甩出經(jīng)典飛度，被吧唧一圈打飛，隨后掏出小刀刺進(jìn)了美隊(duì)肩膀，美隊(duì)拔出小刀后對(duì)著吧唧就是一頓，接著鎖喉舉起吧唧轉(zhuǎn)身就是一個(gè)翻砂，最后美隊(duì)緊緊的勒住吧唧，直到無(wú)力反抗。
之后，美隊(duì)又重新奪回了新品，此時(shí)三艘母艦也開(kāi)始鎖定目標(biāo)，其中托尼斯塔克大廈已被鎖定，其中僅僅一分多鐘就有幾十萬(wàn)人被同時(shí)鎖定。正當(dāng)即將要開(kāi)火的時(shí)候，每隊(duì)及時(shí)將第三枚芯片插了回去，屏幕上的目標(biāo)也隨即消失。控制權(quán)成功地回到了希爾的手，她立即將母艦的目標(biāo)換成彼此。隨后所有的炮口相互發(fā)射，此時(shí)美隊(duì)和吧唧仍在母艦，吧唧被倒塌的鋼架死死壓住，無(wú)法在美隊(duì)的幫助下成功的救出了吧唧，最后美隊(duì)選擇扔下盾牌。吧唧對(duì)著美隊(duì)就是一頓，報(bào)仇的過(guò)程中，每隊(duì)并沒(méi)有打算還手，而是對(duì)吧唧說(shuō)出那句曾經(jīng)也對(duì)每對(duì)說(shuō)過(guò)。隨后母艦發(fā)生爆炸，美隊(duì)墜入湖中，美隊(duì)的話也似乎喚醒吧唧，最后吧唧將美隊(duì)救上岸邊后默默離開(kāi)。一段時(shí)間過(guò)后，重傷的美隊(duì)在病房?jī)?nèi)型。同時(shí)，隱藏于神盾局內(nèi)部的人也被全部救出，可他們還是忽略掉了重要的東西，再一個(gè)秘密基地九頭蛇的某個(gè)分布逐漸壯大，他們不僅獲得了洛基的心靈權(quán)杖，同時(shí)還關(guān)押著緋紅女巫和快銀兩兄妹。最后消失的吧唧來(lái)到二戰(zhàn)的博物館，也看到了關(guān)于自己的過(guò)去。這三人未來(lái)是敵人還是朋友？
