R語言是比較常用的統(tǒng)計(jì)分析和繪圖語言，擁有強(qiáng)大的統(tǒng)計(jì)庫、繪圖庫和生信分析的Bioconductor庫，是學(xué)習(xí)生物信息分析的必備語言之一。
Rstudio是編輯、運(yùn)行R語言的最為理想的工具之一，支持純R腳本、Rmarkdown (腳本文檔混排)、Bookdown (腳本文檔混排成書)、Shiny (交互式網(wǎng)絡(luò)應(yīng)用)等。
Rstudio版本
Rsdutio分為桌面版和服務(wù)器版，桌面版可以在單機(jī)使用，服務(wù)器版可以從瀏覽器訪問供多人使用。
服務(wù)器版安裝好之后，訪問地址為<服務(wù)器IP:8787>，用戶名和密碼為linux用戶的用戶名和密碼。
Rstudio安裝
R安裝
Linux下安裝
Rstudio安裝前需要安裝R，如果使用的是新版的操作系統(tǒng)。直接可以用sudo apt-get installl r-base 或者yum install r-base來安裝。
若系統(tǒng)版本老，或沒有根用戶權(quán)限，則需要下載編譯源碼安裝，最新地址為
https://cran.r-project.org/src/base/R-3/R-3.4.0.tar.gz。
具體編譯方式為 (Linux下軟件安裝見
http://blog.genesino.com/2016/06/bash1):
# --enable-R-shlib 需要設(shè)置，使得其他程序包括Rstudio可以使用R的動(dòng)態(tài)庫
# --prefix指定軟件安裝目錄，需使用絕對(duì)路徑
./configure --prefix=/home/ehbio/R/3.4.0 --enable-R-shlib
# 也可以使用這個(gè)命令，共享系統(tǒng)的blas庫，提高運(yùn)輸速度
#./configure --prefix=/home/ehbio/R/3.4.0 --enable-R-shlib --with-blas --with-lapack
make
make install
windows下安裝
下載
https://cran.r-project.org/bin/windows/雙擊就可以了。
Rstudio安裝
Linux下安裝服務(wù)器版
- 安裝參考 https://www.rstudio.com/products/rstudio/download-server/
- wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-rhel-1.0.136-x86_64.rpm
sudo yum install --nogpgcheck rstudio-server-rhel-1.0.136-x86_64.rpm - 安裝完之后的檢測(cè)、啟動(dòng)和配置
- sudo rstudio-server verify-installation #查看是否安裝正確
sudo rstudio-server start ## 啟動(dòng)
sudo rstudio-server status ## 查看狀態(tài)
sudo rstudio-server stop ## 停止
ifconfig | grep '.NET addr' ## 查看服務(wù)端ip地址
sudo rstudio-server start ## 修改配置文件后重啟
sudo rstudio-server active-sessions ## 列出活躍的sessions:
sudo rstudio-server suspend-session <pid> ## 暫停session
sudo rstudio-server suspend-all ##暫停所有session - Rstudio日志目錄，方便查看錯(cuò)誤信息：/var/log/rstudio-server/
- 配置文件：
- Timeout
- [user] session-timeout-minutes=30 [@powerusers] session-timeout-minutes=0
- /etc/rstudio/rserver.conf
- www-port=8787 (default)
www-address=0.0.0.0 (default)
rsession-ld-library-path=/opt/local/lib:/opt/local/someApp/librsession-which-r=/usr/local/bin/R - /etc/rstudio/rsession.conf
Windows下安裝桌面版
下載之后 (
https://www.rstudio.com/products/rstudio/download2/)雙擊安裝，需要使用管理員權(quán)限，其它無需要注意的。
Rstudio 使用
Windows下桌面版直接雙擊打開即可使用，Linux服務(wù)器版訪問地址為<服務(wù)器IP:8787>，用戶名和密碼為Linux用戶的用戶名和密碼。
Rstudio 界面
Rstudio中新建或打開文件
如果是桌面版，直接就可以訪問”我的電腦”去打開之前寫過的腳本。如果是服務(wù)器版，可直接訪問服務(wù)器上寫過的腳本。Rstudio右下1/4部分可以切換目錄，點(diǎn)擊more，設(shè)置工作目錄。可以上傳本地的腳本到對(duì)應(yīng)目錄打開。
Rstudio還有其它的功能，不過這些對(duì)我們初學(xué)使用已經(jīng)足夠了。以上簡單額舉幾個(gè)畫圖的例子，后續(xù)會(huì)根據(jù)需要推出基于ggplot2作圖的R入門介紹。
Reference
- 我的GitHub http://blog.genesino.com//2017/06/R-Rstudio
- https://support.rstudio.com/hc/en-us
- 我的CSDN http://blog.csdn.net/qazplm12_3/article/details/73785102
