6月27日，國家基因庫生命大數(shù)據(jù)平臺(以下簡稱CNGBdb)在CARSI正式上線，向CARSI所有用戶提供文獻(xiàn)檢索、科學(xué)數(shù)據(jù)交匯與存儲、分析計(jì)算等集“搜存算用”于一體的服務(wù)。CNGBdb的加入，標(biāo)志著CARSI公共服務(wù)向生命科學(xué)領(lǐng)域縱深拓展，助力生命科學(xué)數(shù)據(jù)開放共享和應(yīng)用。聯(lián)盟全體師生可通過CARSI直接使用，無需付費(fèi)購買也無需申請開通。
CNGBdb由深圳國家基因庫(以下簡稱“國家基因庫”)傾力打造，是國家基因庫樣本和數(shù)據(jù)資源開放共享的統(tǒng)一平臺，提供科學(xué)研究中數(shù)據(jù)資源開放共享服務(wù)，如數(shù)據(jù)匯交管理、數(shù)據(jù)在線分析等;同時(shí)提供樣本資源開放共享服務(wù)，如樣本共享展示和樣本共享申請。目前，平臺匯聚全球超11PB的科學(xué)數(shù)據(jù)，并已經(jīng)獲得21家國際出版社/系列期刊認(rèn)可。
CARSI的資源共享特性為生物遺傳資源共享提供了新渠道，師生們可以在CNGBdb平臺上共同存儲、分析樣本/數(shù)據(jù)、發(fā)表成果、制作課件、實(shí)操學(xué)習(xí)等。用戶身份真實(shí)性可通過CARSI來保證這一前提，為CNGBdb平臺和高校進(jìn)一步合作科研項(xiàng)目，推動(dòng)科學(xué)數(shù)據(jù)庫建設(shè)，促進(jìn)可管控的樣本和數(shù)據(jù)資源的開放流通和合理利用，提供了強(qiáng)有力的底層支撐。
強(qiáng)強(qiáng)聯(lián)合，協(xié)同發(fā)展。深圳國家基因庫作為CARSI的第100個(gè)資源服務(wù)商，為CARSI注入新鮮血液，具有特別的紀(jì)念意義。目前，CARSI服務(wù)范圍逐漸擴(kuò)大，已覆蓋全國32個(gè)省的740多萬用戶，CNGBdb可以借助聯(lián)盟高校持續(xù)增長的規(guī)模優(yōu)勢，服務(wù)更多用戶。
CNGBdb平臺主要包含哪些數(shù)據(jù)庫?如何助力生命科學(xué)研究?一起來看看吧。
【搜】海量信息，智能檢索
CNGBdb整合了來源于國家基因庫、NCBI、EBI、DDBJ等平臺的數(shù)據(jù)，包括文獻(xiàn)、變異、基因、蛋白質(zhì)、序列、項(xiàng)目、樣本、實(shí)驗(yàn)、組裝、物種10個(gè)結(jié)構(gòu)的大量分子數(shù)據(jù)和其他信息，通過CNGBdb搜索建立索引，并將這些數(shù)據(jù)與樣本甚至樣本活體相關(guān)聯(lián)，從而實(shí)現(xiàn)數(shù)據(jù)從活體到樣本再到信息數(shù)據(jù)全過程的可追溯性，達(dá)成綜合數(shù)據(jù)的全貫穿。
【存】國際認(rèn)可，規(guī)范管理
國家基因庫序列歸檔系統(tǒng)(CNSA)是一個(gè)歸檔全球組學(xué)數(shù)據(jù)的系統(tǒng)，致力于組學(xué)數(shù)據(jù)的存儲、管理和共享，促進(jìn)組學(xué)數(shù)據(jù)的再利用，推動(dòng)生命科學(xué)的發(fā)展。服務(wù)國家戰(zhàn)略，加強(qiáng)我國遺傳數(shù)據(jù)資源的安全性，為國內(nèi)科研人員提供更加安全、規(guī)范、可靠、便捷、開放的數(shù)據(jù)歸檔系統(tǒng)。
國家基因庫序列歸檔系統(tǒng)(CNSA)是一個(gè)歸檔全球組學(xué)數(shù)據(jù)的系統(tǒng)，致力于組學(xué)數(shù)據(jù)的存儲、管理和共享，促進(jìn)組學(xué)數(shù)據(jù)的再利用，推動(dòng)生命科學(xué)的發(fā)展。服務(wù)國家戰(zhàn)略，加強(qiáng)我國遺傳數(shù)據(jù)資源的安全性，為國內(nèi)科研人員提供更加安全、規(guī)范、可靠、便捷、開放的數(shù)據(jù)歸檔系統(tǒng)。
國家基因庫樣本信息共享平臺(E-BioBank，簡稱EBB)，致力于搭建樣本持有方與使用方之間的橋梁，整合國內(nèi)外生物樣本信息和樣本庫信息，規(guī)范并統(tǒng)一樣本信息整合標(biāo)準(zhǔn)，創(chuàng)造公平、公開的生物樣本共享環(huán)境，促進(jìn)生物樣本的科學(xué)、合理利用，是一個(gè)公益性、基礎(chǔ)性、戰(zhàn)略性的科技創(chuàng)新服務(wù)平臺。
【算】安全可信，高效擴(kuò)展
生命大數(shù)據(jù)可信計(jì)算平臺(CODEPLOT)以數(shù)據(jù)匯交模塊存儲的海量數(shù)據(jù)構(gòu)建的數(shù)據(jù)廣場為支撐，以靈活工作空間管理模式為核心，同時(shí)采取權(quán)限管理以及區(qū)塊鏈存證等多種模式，確保用戶數(shù)據(jù)安全共享。基于平臺數(shù)據(jù)和工具流程，CODEPLOT面向高校和學(xué)生打造基因組、轉(zhuǎn)錄組、單細(xì)胞、時(shí)空、代謝等多組學(xué)生物信息分析課程和教研服務(wù)平臺。
國家基因庫高性能混合計(jì)算池，擁有CNGB獨(dú)有的千種植物轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)集、萬種鳥基因組項(xiàng)目數(shù)據(jù)集、大規(guī)模免疫序列數(shù)據(jù)集 等，同時(shí)整合了NCBI 最新的nt、nr庫，方便用戶對核酸或蛋白質(zhì)序列進(jìn)行搜索對比。安全多方計(jì)算工具，結(jié)合區(qū)塊鏈技術(shù)，在不暴露原始數(shù)據(jù)的情況下進(jìn)行聯(lián)合計(jì)算，實(shí)現(xiàn)數(shù)據(jù)安全共享。
【用】30+實(shí)用科學(xué)數(shù)據(jù)庫
CNGBdb基于重大項(xiàng)目成果及現(xiàn)有數(shù)據(jù)資源，構(gòu)建了動(dòng)植物多樣性、 微生物、 健康與疾病等不同領(lǐng)域方向的30余+科學(xué)數(shù)據(jù)庫。與多家高校、科研院所合作共建組學(xué)數(shù)據(jù)應(yīng)用，構(gòu)建了全球最大的生菜數(shù)據(jù)庫LettuceDB、時(shí)空組學(xué)數(shù)據(jù)庫StomicsDB等高質(zhì)量數(shù)據(jù)庫，并為數(shù)據(jù)庫提供穩(wěn)定、安全的網(wǎng)絡(luò)和服務(wù)器資源。
基于的“搜、存、算、用”四大功能，CNGBdb建立一體化的科研支撐服務(wù)，支撐科研數(shù)據(jù)構(gòu)建全流程閉環(huán)。從“科研數(shù)據(jù)檢索”、“科學(xué)數(shù)據(jù)歸檔”到“生物信息分析挖掘”再到“科研成果共享發(fā)表”，實(shí)現(xiàn)了生命科學(xué)研究用戶在科學(xué)數(shù)據(jù)領(lǐng)域的穩(wěn)定保存和高效應(yīng)用。
【關(guān)于深圳國家基因庫】
深圳國家基因庫(China National GeneBank，CNGB)是由國家發(fā)展和改革委員會(huì)等四部委批復(fù)建設(shè)的我國首個(gè)國家級綜合性基因庫，定位于有效保護(hù)、開發(fā)、利用遺傳資源，為生命科學(xué)研究和生物產(chǎn)業(yè)創(chuàng)新發(fā)展提供服務(wù)的國家級科研支撐平臺。
深圳國家基因庫是服務(wù)于國家戰(zhàn)略的重大科技基礎(chǔ)設(shè)施之一，對生物遺傳資源進(jìn)行存儲、讀取和開放共享，并以此為基礎(chǔ)搭建起支撐生命科學(xué)研究與生物產(chǎn)業(yè)創(chuàng)新發(fā)展的公益性、開放性、引領(lǐng)性、戰(zhàn)略性科技平臺，是世界領(lǐng)先的綜合性生物遺傳資源基因庫。
